El PNC opera en tres niveles, el Plan Nacional, los Planes Regionales, y los Planes Locales, cuya jurisdicción compete en ese orden, al Ejecutivo Federal, representado por el Jefe del Estado Mayor General de la Armada de México, a los Comandantes de las siete Regiones Navales Militares, y a los Comandantes de las trece Zonas y trece Sectores Navales Militares. Asimismo, el PNC cuenta con dos planes bilaterales firmados por los gobiernos de los Estados Unidos Mexicanos y Estados Unidos de América, el Plan MEXUSGOLF y el Plan MEXUSPAC, en el que los dos países se comprometen a llevar a cabo las acciones descritas en dichos acuerdos, tanto en el Golfo de México, como en el Océano Pacífico.